本中心之營運，依銀行法規定，受金融監督管理委員會及該會銀行局之許可監督。本中心設有董事會，由董事九人所組成，另有監察人三人，分別由金融監督管理委員會、中央銀行及銀行公會指派代表或遴聘學者專家擔任，除董事長肩負監督業務執行外，其餘八位董事、三位監察人均未同時兼任本中心經營團隊職務，故均具有獨立董事或獨立監察人之功能，另為更能發揮監督本中心業務執行及法人治理，設有稽核室隸屬董事會，負責辦理各項內部稽核業務。